„Institut za vode“ d.o.o. Bijeljina je osnovan 1999. godine, u trenutku kada se procijenilo da bi bilo korisno i ekonomski isplativo da postoji jedna takva pravna institucija koja treba, na principu ekonomske samostalnosti i isplatljivosti, da preuzme dio odgovornosti za kontrolu kvaliteta voda na prostoru Republike Srpske.
Vrijeme osnivanja se podudara sa vremenom kada je projekat „Institucionalnog jačanja sektora vodoprivrede“ bio u punoj fazi realizacije, a koji je bio organizovan i vođen od strane Ministarstva za poljoprivredu, šumarstvo i vodoprivredu Republike Srpske i podržan prvim ugovorom od strane EC i USAID.